Un sistema de tratamiento de Aguas Residuales es seleccionado de acuerdo a los objetivos que se fijen al buscar la remoción de los contaminantes. Existen diferentes sistemas de tratamiento que implican procesos biológicos, procesos fisicoquímicos, y en ocasiones se presentan ambos. En México para el tratamiento de aguas residuales municipales generalmente se emplean métodos biológicos los cuales se subdividen en las siguientes categorías:
Ya en la clasificación dada por el tipo de crecimiento (adherido y/o suspendido), los sistemas de tratamiento son nombrados de acuerdo al principio de operación (ej. lodos activados, zanjas de oxidación, lagunas anaerobias, película fija, filtros percoladores, etc.). Una de las tecnologías más utilizadas en México es la de lodos activados.
Una planta de tratamiento por lodos activados para aguas residuales municipales comprende las siguientes áreas
Pretratamiento
Tratamiento secundario
Tratamiento de Biosólidos
Desinfección
Estos términos son definidos en la sección de niveles de tratamiento.